引言：一般情况下，在遇到疑难杂症病因不明
的疑似遗传病患者时
全外显子家系分析
是一个值得考虑的辅助诊断手段
因为，全外显子跟其他小Panl相比
具有基因覆盖全，数据价值高的天然优势
在此，小金就不做过多赘述
然而！
正是因为全外显子的
数据多，所以在分析受检者突变位点
与其疾病的真实关联性时
我们更需倍加谨慎！
这不，我们近日就遇到了这样的问题
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——再论建立基因碱基层面突变数据库的重要性
从一个全外显子报告结果不一致的病例说起
各种奇奇怪怪的遗传病，搞不懂，看不准
金准基因就对了！↓↓↓↓↓↓↓↓↓
病例信息：
男性患儿（11个月）
主诉：全面发育迟缓，先心病，隐睾
现病史：患儿全面发育迟缓，双侧脑室增宽，前囟未闭。眼距宽，低耳位，代谢性酸中毒，房间隔缺损，肺呼吸音粗
家族史：——
已有检测结果：CNV-sq:Chr7(P22.1-P22.1):-*3.D.novo
临床印象：全面发育迟缓，代谢性疾病
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面对这样一个病例，选择全外显子Trios
经过海量的基因数据分析
却出现了临床常见犯愁的一个问题：
两份报告结果不一致
A机构（
北京金准基因）基因检测报告：阴性B机构基因检测报告：报了ASCL1基因（AD遗传）的一个缺失突变序列：c._dlCCGCCGC（相关疾病：先天性中枢性低通气综合症CCHS，OMIM：）
那么问题来了
为何A机构检测报告未报出该基因的该位点呢？
1、是未检出该序列突变吗？
2、还是经过分析将检出突变归为不致病因此未体现在报告上？
★案例细究部分★
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当我们遇到这种问题时，该如何分析呢？
简要思路：
First首先需确认B报告的突变（ASCL1基因c._dlCCGCCGC）是否真实存在？
细究步骤：
1、调出该受检者及其家系该基因的Bam图，直观追溯是否真实存在该基因的突变
图从上而下分别为：案例中先证者之父、先证者之母、先证者
ASCL1Exon1具体的疑似突变情况
（可以看到：先证者和先证者之父有疑似同样的缺失突变，玫红色部分）
2、将该段疑似缺失的序列原始Rads与正常序列进行细节比对，核实突变真实性
图先证者ASCL1Exon1具体的疑似突变情况
左侧为真突变：24bp缺失；右侧为假突变
分析至此，我们发现了，先证者ASCL基因的Exon1存在一个24bp的缺失，却并非B报告中的ASCL1基因c._dlCCGCCGC
那么，由此又引出了2个问题：
1、为何B报告的突变结果是ASCL1基因c._dlCCGCCGC，而通过细究，却发现是个24bp的缺失突变呢？（由于分析过程较长，可以做续集细致详解）
First小节结论★：
疑问：1、首先需确认B报告的突变（ASCL1基因c._dlCCGCCGC）是否真实存在？
结论：
1、该患者的ASCL1基因Exon1存在一个24bp的缺失（c._dlchr12:103352-p.A40_A47dl），但并非B检测报告报的c._dlCCGCCGC突变
2、针对为何B报告的突变序列信息不符，我们继续做了大量细致分析（包括仔细分析该区域内的STR；STR会对实验结果造成的影响原理等，由于涉及细节技术原理过多，篇幅有限，暂时不做展开阐述）但，可以得出的结论以及思考是：a对于该病例，我们进行突变序列分析时，需区分真实变异及PCR中taq酶滑脱引入的误差b要考虑重复序列带来的比对（align）困难，以及后续变异位点检测错误。
简要思路：Scond
需细究ASCL1基因与先天性中枢性低通气综合症CCHS（OMIM：）疾病的关联是否成立？
细究1简要步骤：[OMIM]
在OMIM数据库中，与ASCL1基因相关的表型有两个，但两个均为先天性中枢性中枢性低通气综合征(英文缩写：CCHS，下同).
图：查阅OMIM，发现CCHS相关基因包括6个基因，其中包含ASCL1基因。
但是根据CCHS专家共识以及GENEREVIEWS
目前学术界统一认为：PHOX2B为CCHS唯一致病基因
ASCL1基因不是CCHS致病基因（见下图）
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（来源：CCHS专家共识）
（来源：GnViw）图：PHOX2B是引起CCHS的唯一基因
Scond小节结论：
疑问：1、需细究ASCL1基因与先天性中枢性低通气综合症CCHS（OMIM：）疾病的关联是否成立？
结论：专家共识证据和Gnviw证据均表明：ASCL1基因与CCHS疾病关联→不成立!
实际上，分析至此，已经可以告一段落了，ASCL1基因与CCHS疾病关联不成立，那么，检测报告上面不报该突变也是合理的。但是，本着依旧到底的精神，我们继续了接下来的第三步分析
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Third细究该基因24bp的真实缺失突变（c._dlchr12:103352-p.A40_A47dl）与该患者的疾病致病性评级是否成立？？
细究步骤/角度1：该突变的人群频率
图：gnomAD(目前全球最大人群频率数据库)显示，
该突变携带率:0.，且包含1个纯合子（红色箭头处标识）
因此，该突变致病评级为：BS2，即→不支持致病
细究步骤/角度2：功能研究
图：此变异位点在年，已经被报道；根据文章的描述，24bpdl突变体会影响PHOX2A蛋白表达量，但幅度较低，尚无实验结果可以证明其影响动物模型的呼吸功能。
细究步骤/角度3：共分离数据
图：生物学父亲携带相同的基因型（24bp缺失）
该突变致病评级为→BS4，即→不支持致病
Thrid小节结论：
疑问：1、细究该基因24bp的真实缺失突变（c._dlchr12:103352-p.A40_A47dl）与该患者的疾病致病性评级是否成立？？
结论：综上，BS2+BS4,可以把变异位点判断为bnign（良性）
至此，我们依然倾向于A方案：该突变与患者致病关联不成立，故未在报告上体现，但与临床的沟通需要进一步加强，才会推动技术的不断共同进步。
延伸思考：全外显子的突变位点纷繁复杂，如何更紧密结合临床信息进行逻辑严谨的分析，仍需要我们继续努力。一些复杂序列对于测序结果的准确性造成的干扰依然是一个现实存在的共性问题，对于这些干扰因子，需要建立碱基层面突变数据库，对于数据判读时至少有个报警功能也是一大改进，早在两年前，我们也曾呼吁并从金准内部开始共建碱基层面数据库（如下图所示），这项工作的意义在本案例中（由于重复序列干扰，造成突变序列判读结果有误）再一次得到了体现。
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